Năm 2006, Man United vô địch League Cup nhưng tâm điểm là cuộc cãi vã giữa Sir Alex Ferguson và Van Nistelrooy.

Quỷ đỏ đã giành chiến thắng 4-0 trước Wigan Athletic để nâng cao chiếc cúp này lần thứ hai trong lịch sử nhờ cú đúp của Wayne Rooney cùng các bàn thắng của Louis Saha và Cristiano Ronaldo. Nhưng Van Nistelrooy, người đã ghi 21 bàn thắng ở Premier League mùa giải 2005/2006, đã hoàn toàn không được ra sân ở trận đấu này.
Sir Alex đã tống cổ Van Nistelrooy khỏi Man Utd vào năm 2006
Năm 2020, chính Ronaldo đã cung cấp cái nhìn sâu hơn về nguồn gốc cơn giận dữ của Van Nistelrooy. CR7 xác nhận Ferguson đã hứa với Ruud rằng anh có thể được ra sân: “Tôi nghĩ một trong những chất xúc tác lớn khiến Ruud ra đi là trận chung kết Cúp Liên đoàn.”
“Anh ấy không bắt đầu trận đấu, nhưng anh ấy nói rằng HLV hứa cho anh ấy sẽ vào sân nhưng đã không thành. Ruud phát điên lên. Anh ấy phát điên trên ghế dự bị, la hét, chửi bới HLV. Tôi nghĩ HLV kiểu: ‘bạn biết gì không… oh, bây giờ là lúc bán cậu ta’.”

Van Nistelrooy giành được 2 chức vô địch La Liga trong 3 mùa giải ghi nhiều bàn thắng cho Los Blancos trước khi quyết định làm hoà với Ferguson trong một cuộc điện thoại vào năm 2010, khi anh còn chơi cho Hamburg.
Nhớ lại cuộc trò chuyện của mình với Ferguson, anh nói: “Tôi gọi cho ông ấy và ông ấy trả lời: ‘OK, tốt, hãy bỏ qua mọi chuyện’. Tôi nói rằng tôi muốn xin lỗi vì những gì đã xảy ra và ông ấy trả lời: ‘Tốt thôi, tôi đánh giá cao điều đó, khi chúng ta gặp lại nhau, mọi chuyện sẽ ổn thôi.’ Thật tuyệt khi được nghe điều đó.”
Dù ra đi theo cách không ai muốn nhưng Van Nistelrooy vẫn được xem là một trong những tiền đạo xuất sắc nhất lịch sử của Man United.